قرّرت دائرة الاتهام بمحكمة الاستئناف بتونس إحالة ملف مصطفى خذر المتهم في قضية ما عرف بالجهاز السري على الدائرة الجنائية بتونس بتهمة التستر على معلومات تتعلق باغتيال الشهيد محمد البراهمي وإخفاء معلومات حول الإرهابي بوبكر الحكيم قاتل البراهمي.والذي قتل في غارة امريكية في الرقة بسوريا في نوفمبر 2016
واذا ما ادين خذر في هذه القضية فان انتظاره عقوبة سجنية تتراوح ما بين ال5 وال 10 سنوات سجنا بتهمة المشاركة السلبية
وكانت وكالة رويتر للأنباء نقلت يوم 10 ديسمبر 2016 خبر القضاء على الإرهابي الفرنسي من أصول تونسية،أبو بكر الحكيم، بمدينة الرقة،
و حسب هيئة الدفاع عن الشهيدين شكري بلعيد ومحمد البراهمي فان«مصطفى خضر هو من مجموعة براكة الساحل وتم تكريمه من طرف رئيس الجمهورية السابق منصف المرزوقي وثبت أن لديه علاقات قوية واتصالات متكررة مع القيادات العليا للنهضة على غرار الغنوشي والبحيري ورفيق عبد السلام.”
وحسب هذه الهيئة فان “خضر لديه قائمات اسمية في قيادات وآمري الجيش الوطني وتم حجز لديه قائمتين اسميتين لمجموعة المنحرفين في تونس الكبرى مع ارقام هواتفهم.
ثبت تجسسه على سفارة الولايات المتحدة الأمريكية ولديه ارتباط بجماعة الاخوان المسلمين في مصر”
وفي حينه نفى رئيس حركة النهضة راشد الغنوشي،انتماء مصطفى خضر لحركة النهضة،مشيرا الى أن له علاقات إنسانية تربطه بعدد من قيادات حركة النهضة فقط.
واعتبر أن خضر ليس مجرما وعانى أيام الاستبداد و تمت معاقبته بـ8 سنوات سجن لأنه اشتغل في ملفات لا تخصه.
و دعا إلى احترام استقلالية القضاء و عدم شن حملات إعلامية للتشويش و الضغط عليه .