عارضت إسرائيل إنشاء المحكمة الجنائية الدولية، ورفضت بشدّة نظام روما الأساسي، وأبدت مخاوفها من إمكانية ملاحقة قادتها ومسؤوليها العسكريين الذين ارتكبوا جرائم حرب، وجرائم ضد الإنسانية في فلسطين، خاصة في غزة، وازدادت مخاوف إسرائيل من المساءلة والعقاب بعد انضمام فلسطين إلى المحكمة الجنائية الدولية، لتنتهج سياسة التهديد بإيعاز من حليفتها الولايات المتحدة الأمريكية.
وعدم اعتراف اسرائيل بالمحكمة الجنائية الدولية لا يعفيها من الملاحقة لدى المحكمة الجنائية الدولية اذ تدخل الجرائم التي ترتكب حالياً في قطاع غزة، في إطار ولاية المحكمة الجنائية الدولية. فالمحكمة لها الحق في التحقيق في أي جرائم حرب، أو جرائم ضد الإنسانية، أو جرائم إبادة جماعية، قد ترتكب على الأراضي الفلسطينية وذلك على الرغم من أن إسرائيل ليست عضواً في المحكمة. فعلى الرغم من عدم انضمامها إلى المحكمة الجنائية الدولية، إلا أن قبول المحكمة لعضوية فلسطين في أول أفريل 2015 يجعل لها ولاية جنائية على الأراضي الفلسطينية.
وقد أكدت المحكمة في الخامس من فيفري 2021، بأنها تتمتع بصلاحيات تجيز لها النظر في الأوضاع بقطاع غزة والضفة الغربية والقدس الشرقية. إلا أنه ينبغي الإشارة هنا إلى أن المحكمة تعد بحكم نظامها الأساسي ملجأً أخيراً لمحاكمة الأشخاص المسؤولين عن الانتهاكات، فالمحكمة تمارس اختصاصها فقط حينما تكون الدولة المعنية غير راغبة أو غير قادرة على التحقيق بشكل جدي ومحاكمة المسؤولين عن تلك الجرائم.