ولد مصطفى الفرجاني في 10 جانفي من عام 1961 بتونس، وهو متزوج وأب لثلاث أطفال.
تخرج طبيبا عام 1987 من كلية الطب بتونس وعمل أستاذا استشفائيا جامعيا في اختصاص التخدير والإنعاش منذ 2002. وهو حاليا رئيس قسم التخدير والإنعاش المستشفى العسكري ورئيس لجنة مقاومة التعفنات الاستشفائية بالمستشفى العسكري بتونس منذ 2007.
اضطلع الفرجاني بمهام رئيس وحدة بحث “اختلال وظائف القلب خلال الصعقة التعفنية” وهو أمير لواء طبيب مدير عام الصحة العسكرية منذ سنة 2017.
الفرجاني مؤسس ومنسق شهادة الدراسات التكميلية في استكشاف القلب والدورة الدموية برجع الصدى في التخدير الموضعي بكلية الطب بتونس بالتنسيق عن بعد مع كليات الطب الفرنسية، ورئيس الهيئة الوطنية لاختصاص التخدير والإنعاش منذ سنة 2018.
نشر العديد من الأعمال العلمية بالمجالات المفهرسة التونسية والأجنبية وألف وساعد في تأليف سبعة كتب علمية.
شغل في أكتوبر 2017 مديرا عاما للصحة العسكرية .
وساهم الفرجاني في إنجاح أوّل عملية من نوعها في تونس وإفريقيا وهي زرع صمام في القلب من فتحة في الفخذ في المستشفى العسكري سنة 2015.
