وفقا للمرسوم عدد 69 لسنة 2011 فانه لا سلطة لوزير الدفاع على النيابة العمومية العسكرية اذ ينص هذا المرسوم على إقرار مبدأ التقاضي على درجتين، والذي “أصبحت النيابة العمومية العسكرية، بمقتضاه، مستقلة عن السلطة التنفيذية”، وذلك بإلغاء الأمر بالتتبع الصادر عن وزير الدفاع، علما أنه توجد نسبة لا بأس بها من القضاة العدليين المدنيين في حالة إلحاق بوزارة الدفاع الوطني. كما أن كل رؤساء الدوائر بالمحاكم العسكرية هم من الصنف العدلي
وحسب الفصل 110 من الدستور تحدث أصناف المحاكم بقانون. ويمنع إحداث محاكم استثنائية، أو سنّ إجراءات استثنائية من شأنها المساس بمبادئ المحاكمة العادلة.
المحاكم العسكرية محاكم متخصّصة في الجرائم العسكرية. ويضبط القانون اختصاصها وتركيبتها وتنظيمها والإجراءات المتبعة أمامها والنظام الأساسي لقضاتها.
يذكر أنه خلال مناقشة ميزانية الوزارة بمجلس نواب الشعب في نوفمبر 2018 بتطبيق الفصل 110 من الدستور والذي يضبط اختصاص المحاكم العسكرية. كما دعا أيضا إدارة القضاء العسكري إلى إعداد مشروع القانون المتعلق بضبط الإختصاص وتركيبة وتنظيم المحاكم العسكرية والنظام الأساسي للقضاة العسكريين، وذلك في علاقة بتعهد القضاء العسكري بالجرائم التي يرتكبها مدنيون في حق المؤسسة العسكرية.
ونص الفصل 110 من الدستور الجديد على ان المحاكم العسكرية هى محاكم متخصصة فى الجراءم العسكرية ولكن الفصل 149 من نفس الدستور ينص على ان المحاكم العسكرية تواصل ممارسة الصلاحيات الموكولة لها بالقوانين السارية المفعول الى حين تنقيحها بما يتماشى مع احكام الفصل 110الوضعية الحالية اذن تفرض الرجوع الى مجلة المرافعات و العقوبات العسكرية فى انتظار التنقيح الذى طال انتظاره